Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VSX1Q9NZR4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VSX1Q9NZR4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VSX1Q9NZR4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VSX1Q9NZR4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VSX1Q9NZR4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VSX1Q9NZR4 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VSX1Q9NZR4 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms