Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCL28Q9NRJ3 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCL28Q9NRJ3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCL28Q9NRJ3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCL28Q9NRJ3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms