Protein–RNA interactions for Protein: Q9C0C7

AMBRA1, Activating molecule in BECN1-regulated autophagy protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
AMBRA1Q9C0C7 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
AMBRA1Q9C0C7 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
AMBRA1Q9C0C7 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
AMBRA1Q9C0C7 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
AMBRA1Q9C0C7 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
AMBRA1Q9C0C7 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
AMBRA1Q9C0C7 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms