Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS39Q96JC1 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS39Q96JC1 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS39Q96JC1 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS39Q96JC1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms