Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CCDC40Q4G0X9 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CCDC40Q4G0X9 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC40Q4G0X9 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC40Q4G0X9 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.5 ms