Protein–RNA interactions for Protein: P41225

SOX3, Transcription factor SOX-3, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX3P41225 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SOX3P41225 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX3P41225 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX3P41225 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX3P41225 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX3P41225 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX3P41225 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX3P41225 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SOX3P41225 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SOX3P41225 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SOX3P41225 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SOX3P41225 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SOX3P41225 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SOX3P41225 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SOX3P41225 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SOX3P41225 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SOX3P41225 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SOX3P41225 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SOX3P41225 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX3P41225 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX3P41225 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX3P41225 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX3P41225 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX3P41225 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX3P41225 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SOX3P41225 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SOX3P41225 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SOX3P41225 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SOX3P41225 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SOX3P41225 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX3P41225 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX3P41225 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX3P41225 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX3P41225 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX3P41225 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX3P41225 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX3P41225 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SOX3P41225 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SOX3P41225 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SOX3P41225 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SOX3P41225 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SOX3P41225 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SOX3P41225 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SOX3P41225 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SOX3P41225 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SOX3P41225 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SOX3P41225 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SOX3P41225 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SOX3P41225 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SOX3P41225 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SOX3P41225 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SOX3P41225 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SOX3P41225 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SOX3P41225 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SOX3P41225 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SOX3P41225 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SOX3P41225 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SOX3P41225 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX3P41225 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX3P41225 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX3P41225 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX3P41225 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX3P41225 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX3P41225 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SOX3P41225 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SOX3P41225 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SOX3P41225 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SOX3P41225 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SOX3P41225 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SOX3P41225 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SOX3P41225 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SOX3P41225 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SOX3P41225 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SOX3P41225 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SOX3P41225 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SOX3P41225 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SOX3P41225 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SOX3P41225 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SOX3P41225 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SOX3P41225 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SOX3P41225 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SOX3P41225 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms