Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL8A1P27658 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL8A1P27658 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL8A1P27658 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL8A1P27658 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms