RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	MIER2	Q8N344	545 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FIBCD1	Q8N539	461 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HTR3C	Q8WXA8	447 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ULBP1	Q9BZM6	244 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TKTL2	Q9H0I9	626 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MARCH2	Q9P0N8	246 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC9A3R1	O14745	358 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CENPL	Q8N0S6	344 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MDM1	Q8TC05	714 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PAWR	Q96IZ0	340 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TMBIM4	Q9HC24	238 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	VPS51	Q9UID3	782 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TRHDE	Q9UKU6	1024 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD63	C9JTQ0	380 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR47	O94967	919 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP5C1	P36542	298 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PMS1	P54277	932 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SEL1L3	Q68CR1	1132 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	BTNL9	Q6UXG8	535 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC34	Q8IZ02	419 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PRKD2	Q9BZL6	878 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKZF1	Q9H8Y5	726 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RMI1	Q9H9A7	625 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF19A	Q9NV58	838 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SOX13	Q9UN79	622 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	LRCH1	Q9Y2L9	728 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV19	A0A0A6YYK7	116 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TFE3	P19532	575 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PSMA4	P25789	261 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFA1	P59665	94 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFA3	P59666	94 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	POLR2L	P62875	67 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL19	Q6PCT2	694 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC22A9	Q8IVM8	553 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TERB1	Q8NA31	727 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MKL1	Q969V6	931 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	VCPIP1	Q96JH7	1222 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FTHL17	Q9BXU8	183 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDH9	Q9HC56	1237 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	AHSP	Q9NZD4	102 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NCKIPSD	Q9NZQ3	722 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NUDT5	Q9UKK9	219 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL42	Q9Y6G3	142 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP6AP1L	Q52LC2	224 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	WLS	Q5T9L3	541 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	IRGC	Q6NXR0	463 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TRPM4	Q8TD43	1214 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAPPC9	Q96Q05	1148 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FUCA2	Q9BTY2	467 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	IMPAD1	Q9NX62	359 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	BTBD7	Q9P203	1132 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RARG	P13631	454 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TCF3	P15923	654 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PTPN1	P18031	435 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RRM2	P31350	389 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NR2C2	P49116	596 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC12A3	P55017	1021 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FKBP1B	P68106	108 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ARMC12	Q5T9G4	340 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	WSCD1	Q658N2	575 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	C15orf52	Q6ZUT6	534 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RGL4	Q8IZJ4	473 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP1R16A	Q96I34	528 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HTATIP2	Q9BUP3	242 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ASAH2	Q9NR71	780 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGAP20	Q9P2F6	1191 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NDOR1	Q9UHB4	597 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PHTF1	Q9UMS5	762 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CAPN15	O75808	1086 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF4B	P23588	611 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RUNX1T1	Q06455	604 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MOB2	Q70IA6	237 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ZDHHC6	Q9H6R6	413 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TMCC3	Q9ULS5	477 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SASH3	O75995	380 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HMGCR	P04035	888 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RPN2	P04844	631 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ALDH9A1	P49189	494 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NFYC	Q13952	458 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SETMAR	Q53H47	684 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NOMO2	Q5JPE7	1267 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CDKAL1	Q5VV42	579 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXR1	Q6PIV2	292 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MSL3	Q8N5Y2	521 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	LENG9	Q96B70	501 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TBL1Y	Q9BQ87	522 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CDC42EP4	Q9H3Q1	356 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TUBGCP4	Q9UGJ1	667 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	AP4S1	Q9Y587	144 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447		E5RJQ4	531 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT6A	P02538	564 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT6B	P04259	564 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	THRA	P10827	490 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT6C	P48668	564 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CSTF3	Q12996	717 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAAF5	Q86Y56	855 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HELQ	Q8TDG4	1101 aa		13.42	□□□□□ -0.26

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