RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINB12	Q96P63	405 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	C16orf96	A6NNT2	1141 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	MICAL2	O94851	1124 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	GLRB	P48167	497 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	DSG1	Q02413	1049 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	C1QBP	Q07021	282 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	TGM3	Q08188	693 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	NFIL3	Q16649	462 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CXCL17	Q6UXB2	119 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CHMP1B	Q7LBR1	199 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	COLGALT1	Q8NBJ5	622 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FAR2	Q96K12	515 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447		B2RBV5	119 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	RBAK-RBAKDN	I3L0D1	243 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	NTRK3	Q16288	839 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	PTAR1	Q7Z6K3	402 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	STRA8	Q7Z7C7	330 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	DSG4	Q86SJ6	1040 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	LGI2	Q8N0V4	545 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT78	Q8N1N4	520 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF614	Q8N883	585 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC2A14	Q8TDB8	520 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	RMND5A	Q9H871	391 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	NCKAP1	Q9Y2A7	1128 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ZMYM2	Q9UBW7	1377 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	MROH7	Q68CQ1	1323 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	IRF6	O14896	467 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	IMPDH2	P12268	514 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	MAPK9	P45984	424 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	BRSK2	Q8IWQ3	736 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM199	Q8N511	208 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	SH3GL2	Q99962	352 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	MFSD1	Q9H3U5	465 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CARNS1	A5YM72	827 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FNDC3B	Q53EP0	1204 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ARID3B	Q8IVW6	561 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	DIS3L	Q8TF46	1054 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	TADA1	Q96BN2	335 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC134	Q9H6E4	229 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO10	Q9UK96	956 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	HPSE	Q9Y251	543 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	PDZK1P1	A8MUH7	402 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	TRMT11	Q7Z4G4	463 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	SKA1	Q96BD8	255 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	GAD1	Q99259	594 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	GPAM	Q9HCL2	828 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL17	Q9NRX2	175 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FGFR1	P11362	822 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	HAL	P42357	657 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	KBTBD12	Q3ZCT8	623 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CELF3	Q5SZQ8	465 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF571	Q7Z3V5	609 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF606	Q8WXB4	792 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP4F12	Q9HCS2	524 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	SPG21	Q9NZD8	308 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	USP20	Q9Y2K6	914 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	NRCAM	Q92823	1304 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC15A5	A6NIM6	579 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	IGSF6	O95976	241 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	PLIN5	Q00G26	463 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC36	Q1X8D7	754 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FIGN	Q5HY92	759 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	RGMB	Q6NW40	437 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC44A2	Q8IWA5	706 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CNGB3	Q9NQW8	809 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	BLOC1S6	Q9UL45	172 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	VANGL2	Q9ULK5	521 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FRMPD4	Q14CM0	1322 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	GNG14	A0A1W2PPG7	69 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	HPGD	P15428	266 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF268	Q14587	947 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	PARVB	Q9HBI1	364 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	MGAT4D	A6NG13	374 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FKTN	O75072	461 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	RECQL4	O94761	1208 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CASP7	P55210	303 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC80	Q76M96	950 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	OTOA	Q7RTW8	1153 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM86A	Q8N2M4	240 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	OSGEP	Q9NPF4	335 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	WHRN	Q9P202	907 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	RBP1	P09455	135 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	BDNF	P23560	247 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	INA	Q16352	499 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	FUT11	Q495W5	492 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	PRAMEF19	Q5SWL8	479 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CES5A	Q6NT32	575 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	PALB2	Q86YC2	1186 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF558	Q96NG5	402 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ZCCHC2	Q9C0B9	1178 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	UBXN8	O00124	270 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	PECAM1	P16284	738 aa	Predicted RBP	13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	STX5	Q13190	355 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	ACOX1	Q15067	660 aa		13.48	□□□□□ -0.25
PTPRF-215	ENST00000496447	CHADL	Q6NUI6	762 aa		13.48	□□□□□ -0.25

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