RNA–Protein interactions for RNA: YPR179C

HDA3, Transcript of Subunit of the HDA1 histone deacetylase complex, yeast

Gene HDA3, Length 1,968 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
HDA3	YPR179C	UBR2	Q07963	1872 aa		0.89	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	RPB3	P16370	318 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	RFC4	P40339	323 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	CUS2	P53830	285 aa	Predicted RBP	0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YMR226C	Q05016	267 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YLR162W	Q06235	118 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	MET5	P47169	1442 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	CPA1	P07258	411 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	MATALPHA2	P0CY08	210 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	HMLALPHA2	P0CY09	210 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	ATP15	P21306	62 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	MAG1	P22134	296 aa	Known RBP	0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YGL010W	P25338	174 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	GLE2	P40066	365 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	AIM25	P47140	327 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	SAY1	P53324	424 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YDR274C	P87283	123 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YNG1	Q08465	219 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	ADF1	Q2V2Q1	113 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YCL012C	Q8J0M4	134 aa		0.88	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YBR220C	P38318	560 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YBR285W	P38354	144 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	HMF1	P40037	129 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	CGR1	P53188	120 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	ANT1	Q06497	328 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	ATG40	Q99325	256 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	CKS1	P20486	150 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YBR209W	P38311	105 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	RPL13B	P40212	199 aa	Known RBP	0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	ERJ5	P43613	295 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	GET1	P53192	235 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	MRPS17	Q03246	237 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	GGA1	Q06336	557 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	GET4	Q12125	312 aa		0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	RPL13A	Q12690	199 aa	Predicted RBP	0.87	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	IKI3	Q06706	1349 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	RPL2A	P0CX45	254 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	RPL2B	P0CX46	254 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	TFC1	P32367	649 aa		0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	TMA19	P35691	167 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	NOP19	P53317	196 aa	Predicted RBP	0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	POP3	P53833	195 aa	Predicted RBP	0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	GRX3	Q03835	250 aa		0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	HNT1	Q04344	158 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	ABP140	Q08641	628 aa	Known RBP	0.86	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	YLR236C	A0A023PZG4	107 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	QCR7	P00128	127 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	SIR2	P06700	562 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	RPL27A	P0C2H6	136 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	GPA2	P10823	449 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	FPR1	P20081	114 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	UPS2	P35200	230 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	SHE2	P36068	246 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.85	□□□□□ -2.27	not detected
HDA3	YPR179C	ERG10	P41338	398 aa	Known RBP	0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	KNH1	P50112	268 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	MMS2	P53152	137 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	JIP3	O13555	125 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	MRS1	P07266	363 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	QCR8	P08525	94 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	NUP49	Q02199	472 aa		0.85	□□□□□ -2.27
HDA3	YPR179C	MBF1	O14467	151 aa	Known RBP	0.84	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	CNB1	P25296	175 aa		0.84	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	OCH1	P31755	480 aa		0.84	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	KDX1	P36005	433 aa		0.84	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	OPY1	P38271	328 aa		0.84	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	MZM1	Q03429	123 aa	Predicted RBP	0.84	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	RAD28	Q12021	506 aa		0.84	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	FAS1	P07149	2051 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YCR090C	P25654	182 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	ASF2	P32448	525 aa	Predicted RBP	0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	VMA22	P38784	181 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	MPC3	P53311	146 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	CUE4	Q04201	117 aa	Predicted RBP	0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	FUS2	Q05670	677 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	ODC2	Q99297	307 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	POR1	P04840	283 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	SEC11	P15367	167 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YPK2	P18961	677 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	SPO13	P23624	291 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	PAN3	P36102	679 aa	Predicted RBP	0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	AIM2	P39721	246 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YEA4	P40004	342 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	ARP3	P47117	449 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YDL180W	Q12301	547 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	RAD9	P14737	1309 aa		0.83	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	TVP38	P36164	337 aa		0.82	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	TVP23	P38962	199 aa		0.82	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	SER2	P42941	309 aa		0.82	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	DGA1	Q08650	418 aa		0.82	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	RIO1	Q12196	484 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	IGO2	Q9P305	131 aa		0.82	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	APA2	P22108	325 aa		0.81	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YER034W	P40022	185 aa	Known RBP	0.81	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	SKI6	P46948	246 aa	Predicted RBP	0.81	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YJR111C	P47148	283 aa	Known RBP	0.81	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YNL184C	P53876	108 aa		0.81	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YMR099C	Q03161	297 aa	Known RBP	0.81	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YOL014W	Q08110	124 aa		0.81	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YER076C	P40049	302 aa		0.81	□□□□□ -2.28
HDA3	YPR179C	YPL073C	P40323	161 aa		0.81	□□□□□ -2.28

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 31.4 ms