RNA–Protein interactions for RNA: YGR003W

CUL3, Transcript of Ubiquitin-protein ligase, yeast

Gene CUL3, Length 2,235 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CUL3	YGR003W	PEX31	P53203	462 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	VOA1	P53262	265 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	VPS60	Q03390	229 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	MGR3	Q04472	501 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	SUE1	Q06524	206 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	ARV1	Q06541	321 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	GCD2	P12754	651 aa	Predicted RBP	0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	FRS2	P15625	503 aa	Known RBP	0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	CLB6	P32943	380 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	HMT1	P38074	348 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	RPE1	P46969	238 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YJL027C	P47063	138 aa	Predicted RBP	0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	GTO1	P48239	356 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	SLM2	P53955	656 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YPL077C	Q02831	240 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	DCR2	Q05924	578 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	RRP42	Q12277	265 aa	Predicted RBP	0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	MDY2	Q12285	212 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YPL247C	Q12523	523 aa		0.74	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	RPS3	P05750	240 aa	Known RBP	0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	OSM1	P21375	501 aa	Known RBP	0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	KRR1	P25586	316 aa	Predicted RBP	0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	CSM1	P25651	190 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	KRE6	P32486	720 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	PHO89	P38361	574 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	HIS2	P38635	335 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	VPS45	P38932	577 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	GON7	P46984	123 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	FMP33	P46998	180 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	NBP1	P52919	319 aa	Predicted RBP	0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	MDM34	P53083	459 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	SPO19	Q03029	223 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YMR209C	Q03648	457 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	VBA1	Q04301	562 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	NUP157	P40064	1391 aa	Known RBP	0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	POX1	P13711	748 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	UGA1	P17649	471 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	DBP3	P20447	523 aa	Known RBP	0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	MEK1	P24719	497 aa	Predicted RBP	0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	POF1	P25576	258 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	ERG2	P32352	222 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	GDH2	P33327	1092 aa	Known RBP	0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	RPC25	P35718	212 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	LOH1	P47055	219 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	MND1	P53102	219 aa		0.73	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	SAR1	P20606	190 aa	Known RBP	0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	PPH21	P23594	369 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	NRG2	P38082	220 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YJR141W	P47172	347 aa	Predicted RBP	0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	NBP35	P52920	328 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	LSB1	P53281	241 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	SWS2	P53937	143 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	EMI1	Q04406	187 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YMR114C	Q04471	368 aa	Known RBP	0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YPL150W	Q12152	901 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YCR102C	P25608	368 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YHL049C	P38722	271 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	YGL034C	P53186	121 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	RSM27	P53305	110 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	ATC1	Q04005	294 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	TAF9	Q05027	157 aa		0.72	□□□□□ -2.29
CUL3	YGR003W	RPC40	P07703	335 aa	Known RBP	0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	GRE3	P38715	327 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.71	□□□□□ -2.3	not detected
CUL3	YGR003W	YIA6	P40556	373 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	YJL028W	P47062	111 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	BAT2	P47176	376 aa	Known RBP	0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	CPD1	P53314	239 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	COS6	P53344	381 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	RSM10	Q03201	203 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	MYO5	Q04439	1219 aa	Known RBP	0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	ERV41	Q04651	352 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	SFH1	Q06168	426 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	BER1	Q06688	274 aa	Known RBP	0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	GEP5	Q12393	293 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	MRPL23	Q12487	163 aa	Predicted RBP	0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	ISD11	Q6Q560	94 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	AI5_BETA	Q9ZZX0	354 aa		0.71	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	STF1	P01098	86 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	RRT12	P25381	491 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	YHR045W	P38775	560 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	COG3	P40094	801 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	COG7	P53195	279 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	YNL050C	P53952	270 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	YMR316C-A	I2HB70	103 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	YAL064W-B	O13512	126 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	SCO1	P23833	295 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	EHD3	P28817	500 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	YGP1	P38616	354 aa	Known RBP	0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	SMD3	P43321	101 aa	Known RBP	0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	YNL260C	P53846	198 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	FMP16	Q12497	93 aa		0.7	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	ILV1	P00927	576 aa	Known RBP	0.69	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	RAS2	P01120	322 aa	Known RBP	0.69	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	DPB2	P24482	689 aa	Predicted RBP	0.69	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	YKL070W	P36087	169 aa		0.69	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	MRPL40	P36534	297 aa		0.69	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	ECM13	P38195	257 aa		0.69	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	HEK2	P38199	381 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.69	□□□□□ -2.3	not detected
CUL3	YGR003W	NIF3	P53081	288 aa		0.69	□□□□□ -2.3
CUL3	YGR003W	TRM44	Q02648	567 aa	Known RBP	0.69	□□□□□ -2.3

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