RNA–Protein interactions for RNA: YML046W

PRP39, Transcript of U1 snRNP protein involved in splicing, yeast

Gene PRP39, Length 1,890 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP39	YML046W	ACL4	Q03771	387 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	OPI3	P05375	206 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	CKA1	P15790	372 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	IMP2'	P32351	346 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ZRT3	P34240	503 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	DSN1	P40568	576 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MOB2	P43563	287 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PMT4	P46971	762 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	AQR1	P53943	586 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PRP3	Q03338	469 aa	Predicted RBP	0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YPL264C	Q08980	353 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	GEP5	Q12393	293 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	SPO24	Q3E752	67 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	Q0297	Q9ZZV8	51 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YLR422W	Q06409	1932 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	SWI1	P09547	1314 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	STT4	P37297	1900 aa		0.23	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	VPS63	O13549	108 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RPB9	P27999	122 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	CWP1	P28319	239 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PMT2	P31382	759 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RIM1	P32445	135 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PEX5	P35056	612 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ASC1	P38011	319 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	STN1	P38960	494 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	FET3	P38993	636 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YER084W	P40057	128 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TIF34	P40217	347 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YFR045W	P43617	309 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RPT4	P53549	437 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	SWS2	P53937	143 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	GRX8	Q05926	109 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	DFM1	Q12743	341 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	FPR1	P20081	114 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ARO4	P32449	370 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	CLB6	P32943	380 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	IST2	P38250	946 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	CTM1	P38818	585 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	GAT4	P40569	121 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TOS2	P50078	622 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YGL118C	P53132	145 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MAL13	P53338	473 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TRM82	Q03774	444 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ARX1	Q03862	593 aa	Known RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YMR244W	Q04018	355 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YML096W	Q04489	525 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ECM19	Q06011	112 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TFC7	Q12415	435 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YGR035W-A	Q45U48	73 aa		0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	SSK22	P25390	1331 aa	Predicted RBP	0.22	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RAD3	P06839	778 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RPL12A	P0CX53	165 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RPL12B	P0CX54	165 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MRP7	P12687	371 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MRPL8	P22353	238 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	TAF14	P35189	244 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YRA2	P36036	203 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.21	□□□□□ -2.38	not detected
PRP39	YML046W	OSW5	P40219	148 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PRE6	P40303	254 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PHB1	P40961	287 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	ABM1	P47146	123 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	CGI121	Q03705	181 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SPE3	Q12074	293 aa	Known RBP	0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	AEP3	Q12089	606 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YOR342C	Q12182	319 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RNH203	Q12338	110 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	ERP3	Q12403	225 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YOL159C-A	Q3E769	90 aa		0.21	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	NRP1	P32770	719 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.2	□□□□□ -2.38	not detected
PRP39	YML046W	YBL028C	P38202	106 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SMF2	P38778	549 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	FAD1	P38913	306 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PAC11	P40960	533 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YFR018C	P43599	363 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RMT2	Q03305	412 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RRB1	Q04225	511 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	ROY1	Q04847	553 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SPH1	Q06160	661 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YHR086W-A	Q3E746	53 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	AFI1	Q99222	893 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PDR18	P53756	1333 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	IKI3	Q06706	1349 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PDE2	P06776	526 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MAS1	P10507	462 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RED1	P14291	827 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YAK1	P14680	807 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SEC14	P24280	304 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YCR051W	P25631	222 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	VPH1	P32563	840 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MRPL40	P36534	297 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PCH2	P38126	564 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	ZTA1	P38230	334 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YHR182W	P38870	785 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SER3	P40054	469 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RPS29B	P41058	56 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MPP10	P47083	593 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	EFM3	P47163	339 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	DAN1	P47178	298 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	DIG2	Q03373	323 aa	Known RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	FMN1	Q03778	218 aa		0.2	□□□□□ -2.38

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