RNA–Protein interactions for RNA: YML046W

PRP39, Transcript of U1 snRNP protein involved in splicing, yeast

Gene PRP39, Length 1,890 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP39	YML046W	TDA11	P38854	504 aa		0.29	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	SEC27	P41811	889 aa	Known RBP	0.29	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	YFR054C	P43622	192 aa		0.29	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	AIM23	P47015	356 aa		0.29	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	RTS3	P53289	263 aa		0.29	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	MMT2	Q08970	484 aa		0.29	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	POX1	P13711	748 aa		0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	CHA1	P25379	360 aa	Known RBP	0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	ITR2	P30606	609 aa		0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	NIP1	P32497	812 aa	Known RBP	0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	OLA1	P38219	394 aa	Known RBP	0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	SMC2	P38989	1170 aa	Known RBP	0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	CAK1	P43568	368 aa	Predicted RBP	0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	BUD27	P43573	796 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.28	□□□□□ -2.36	not detected
PRP39	YML046W	ECO1	P43605	281 aa		0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	HIT1	P46973	164 aa		0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	MSA1	Q08471	629 aa		0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	RPN8	Q08723	338 aa	Known RBP	0.28	□□□□□ -2.36
PRP39	YML046W	MYO1	P08964	1928 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RPP0	P05317	312 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RPL23A	P0CX41	137 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RPL23B	P0CX42	137 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RPL1A	P0CX43	217 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RPL1B	P0CX44	217 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	DAL81	P21657	970 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	GRR1	P24814	1151 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	GFD2	P25370	566 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TIP20	P33891	701 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TVP23	P38962	199 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	NAB3	P38996	802 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.27	□□□□□ -2.37	not detected
PRP39	YML046W	YIL054W	P40524	105 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PRP42	Q03776	544 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RPN9	Q04062	393 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	DON1	Q05610	365 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MRX4	Q12467	430 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TDH2	P00358	332 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TDH3	P00359	332 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.27	□□□□□ -2.37	not detected
PRP39	YML046W	ARF1	P11076	181 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	DBF2	P22204	572 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MIR1	P23641	311 aa	Known RBP	0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YEL043W	P32618	956 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YKR015C	P36111	568 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	INM1	P38710	295 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	SIP3	P38717	1229 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	EFM1	P38732	585 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YER188W	P40103	239 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YCH1	P42937	148 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	STE24	P47154	453 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	GTO3	Q04806	366 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MTR10	Q99189	972 aa		0.27	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MOT1	P32333	1867 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	COX3	P00420	269 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PEX34	P25584	144 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ADK2	P26364	225 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	INO2	P26798	304 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	UBC6	P33296	250 aa	Predicted RBP	0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MED8	P38304	223 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RCK1	P38622	512 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PCL7	P40186	285 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ROG1	P53118	685 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	CAX4	P53223	239 aa		0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	BNI5	P53890	448 aa	Known RBP	0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MYO5	Q04439	1219 aa	Known RBP	0.26	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	MET17	P06106	444 aa		0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	NFU1	P32860	256 aa		0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	SAS3	P34218	831 aa		0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	SYF2	P53277	215 aa	Predicted RBP	0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TIM10	P87108	93 aa		0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YDR222W	Q04925	415 aa		0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	DXO1	Q06349	442 aa		0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	SGT2	Q12118	346 aa	Known RBP	0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	IES3	Q12345	250 aa		0.25	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TFS1	P14306	219 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PHO80	P20052	293 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	OSM1	P21375	501 aa	Known RBP	0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	BUD2	P33314	1104 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YKL071W	P36086	256 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	TAE1	P38340	232 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ASP1	P38986	381 aa	Predicted RBP	0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	POP2	P39008	433 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YHC3	P47040	408 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	DSK2	P48510	373 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	PMT5	P52867	743 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	NUP84	P52891	726 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	RRN9	P53437	365 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	VPS71	Q03433	280 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	FEX1	Q08913	375 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	FEX2	Q08991	375 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	GLE1	Q12315	538 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	ATO3	Q12359	275 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YPL229W	Q99395	206 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	VPS3	P23643	1011 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	URA10	P30402	227 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	KRE6	P32486	720 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	BYE1	P36106	594 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	NRG2	P38082	220 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	HEK2	P38199	381 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.24	□□□□□ -2.37	not detected
PRP39	YML046W	MIC19	P43594	170 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	YNL095C	P53932	642 aa		0.24	□□□□□ -2.37
PRP39	YML046W	INP1	Q03694	420 aa		0.24	□□□□□ -2.37

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