RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409441.5

LIMS1-204, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 1,627 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-204ENST00000409441 KIAA0100Q14667 2235 aaKnown RBP14.86□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 ZBTB42B2RXF5 422 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 GTPBP6O43824 516 aaPredicted RBP14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 PLA2G4BP0C869 781 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 COL6A1P12109 1028 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 ATP1A3P13637 1013 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 ZNF18P17022 549 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 RARRES1P49788 294 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 IGBP1P78318 339 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 TARBP2Q15633 366 aaKnown RBP14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 GRIK4Q16099 956 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 MTERF2Q49AM1 385 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 FAM47CQ5HY64 1035 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 NFRKBQ6P4R8 1299 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 RAD54LQ92698 747 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 FANCLQ9NW38 375 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 STK17AQ9UEE5 414 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 NRCAMQ92823 1304 aa14.85□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 A0A0U1RQG5 324 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 ARHGEF35A5YM69 484 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 RRN3P2A6NIE6 340 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 CCDC85CA6NKD9 419 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 SSBP05455 408 aaKnown RBP eCLIP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 SKILP12757 684 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 AFMP43652 599 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 MCM6Q14566 821 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 SYT2Q8N9I0 419 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 SLC43A3Q8NBI5 491 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 MYRIPQ8NFW9 859 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 TRAPPC12Q8WVT3 735 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 CCDC43Q96MW1 224 aaKnown RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 CEP89Q96ST8 783 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 C11orf49Q9H6J7 331 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 RMND1Q9NWS8 449 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 UQCRHLA0A096LP55 91 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 C17orf102A2RUQ5 167 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 ARVCFO00192 962 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 MYL1P05976 194 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 UQCRHP07919 91 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 GNAT1P11488 350 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 SFPQP23246 707 aaKnown RBP eCLIP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 KLRC1P26715 233 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 PTPN11Q06124 597 aaPredicted RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 HIC1Q14526 733 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 MARCH8Q5T0T0 291 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 PADI6Q6TGC4 694 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 SLC39A5Q6ZMH5 540 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 SV2BQ7L1I2 683 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 NECAB2Q7Z6G3 386 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 SESTD1Q86VW0 696 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 VSTM4Q8IW00 320 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 PIP4P2Q8N4L2 257 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 LMBR1Q8WVP7 490 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 LARP4BQ92615 738 aaKnown RBP14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 CUEDC2Q9H467 287 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 MAGEF1Q9HAY2 307 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 GTF2IRD1Q9UHL9 959 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 NFE2L3Q9Y4A8 694 aa14.84□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 FRMPD3Q5JV73 1810 aa14.83□□□□□ -0.03
LIMS1-204ENST00000409441 DYNC1I1O14576 645 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 CDK7P50613 346 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 ATN1P54259 1190 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 SLC12A3P55017 1021 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 ZNF200P98182 395 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 TBC1D8BQ0IIM8 1120 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 CUL4BQ13620 913 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 ARID5BQ14865 1188 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 SPATA1Q5VX52 437 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 GDF6Q6KF10 455 aaPredicted RBP14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 CCDC112Q8NEF3 446 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 ZBTB10Q96DT7 871 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 SEZ6LQ9BYH1 1024 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 PPME1Q9Y570 386 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 COL1A2P08123 1366 aa14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 MYH9P35579 1960 aaKnown RBP14.83□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 MAGEB2O15479 319 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 HOXC8P31273 242 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 RFC5P40937 340 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 ADAM17P78536 824 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 RINT1Q6NUQ1 792 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 MTHFD1LQ6UB35 978 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 SLC7A3Q8WY07 619 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 STAMQ92783 540 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 SUGCTQ9HAC7 445 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 KBTBD4Q9NVX7 518 aa14.82□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 BRCA2P51587 3418 aa14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 MBLAC1A4D2B0 266 aaPredicted RBP14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 TREHO43280 583 aa14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 MAFO75444 373 aaPredicted RBP14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 DGAT1O75907 488 aa14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 C22orf31O95567 290 aa14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 CYP11B2P19099 503 aa14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 POLGP54098 1239 aaPredicted RBP14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 SOX10P56693 466 aa14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 PTGISQ16647 500 aa14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 TPD52L1Q16890 204 aaPredicted RBP14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 ARSHQ5FYA8 562 aa14.81□□□□□ -0.04
LIMS1-204ENST00000409441 ARMCX5Q6P1M9 558 aa14.81□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.7 ms