RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	RIF2	Q06208	395 aa		2.44	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	MDM36	Q06820	579 aa		2.44	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	JID1	Q12350	301 aa		2.44	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	NCA2	Q12374	616 aa		2.44	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	ISA2	Q12425	185 aa		2.44	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	ARO3	P14843	370 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	PHA2	P32452	334 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	OLA1	P38219	394 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	RTC2	P38279	296 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	MIG3	P39943	394 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	YER079W	P40052	210 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	YFR057W	P43625	151 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	TOS3	P43637	560 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	PRP42	Q03776	544 aa	Known RBP	2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	YLR345W	Q06137	509 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	AEP3	Q12089	606 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	YGK3	Q12222	375 aa	Predicted RBP	2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	RUP1	Q12242	671 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	CEX1	Q12453	761 aa		2.43	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	MSI1	P13712	422 aa		2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	HSP26	P15992	214 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.42	□□□□□ -2.02	not detected
CSE4	YKL049C	MDH1	P17505	334 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.42	□□□□□ -2.02	not detected
CSE4	YKL049C	DPH5	P32469	300 aa	Predicted RBP	2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	CYS4	P32582	507 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	ZTA1	P38230	334 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	DFG10	P40526	253 aa		2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	LCB3	P47013	409 aa		2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	BIR1	P47134	954 aa		2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	AIM32	Q04689	311 aa		2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	RTN1	Q04947	295 aa	Known RBP	2.42	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	DST1	P07273	309 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	CAP2	P13517	287 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	RPB5	P20434	215 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	AAT2	P23542	418 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	EXG1	P23776	448 aa	Known RBP	2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	YKL097C	P34245	136 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	SPT10	P35208	640 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	MRP21	P38175	177 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	MAM33	P40513	266 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	CHS6	P40955	746 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	LIP2	Q06005	328 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	SMC5	Q08204	1093 aa		2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	SMF3	Q12078	473 aa	Predicted RBP	2.41	□□□□□ -2.02
CSE4	YKL049C	CDC21	P06785	304 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PRR1	P28708	518 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	HSP104	P31539	908 aa	Known RBP	2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	RIM1	P32445	135 aa	Known RBP	2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	STN1	P38960	494 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	MMF1	P40185	145 aa	Known RBP	2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	HAC1	P41546	238 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	EGT2	P42835	1041 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	AIM24	P47127	394 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	MST27	P53176	234 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	RRP46	P53256	223 aa	Predicted RBP	2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YGR111W	P53265	400 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	ALF1	P53904	254 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	CMS1	Q07897	291 aa	Known RBP	2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	LOT6	Q07923	191 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	EAF3	Q12432	401 aa		2.4	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PIS1	P06197	220 aa	Known RBP	2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	ATP1	P07251	545 aa	Known RBP	2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YEF1	P32622	495 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SKN1	P33336	771 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	STP2	P38704	541 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	INM1	P38710	295 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YHK8	P38776	514 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	FAD1	P38913	306 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	OXA1	P39952	402 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PIB2	P53191	635 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	CRH1	P53301	507 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YMR102C	Q03177	834 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YDR341C	Q05506	607 aa	Known RBP	2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YLR456W	Q06199	204 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	DCI1	Q08558	271 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SSN2	P38931	1420 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	POM152	P39685	1337 aa		2.39	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	COX13	P32799	129 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	MPE1	P35728	441 aa	Known RBP	2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	GPI16	P38875	610 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	BAT1	P38891	393 aa	Known RBP	2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	ATG18	P43601	500 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	BNS1	P50084	137 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	COS1	P53822	381 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	TDA1	Q03533	586 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YET2	Q04210	160 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PRM6	Q04705	352 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	UAF30	Q08747	228 aa		2.38	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SKI3	P17883	1432 aa	Known RBP	2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PAB1	P04147	577 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.37	□□□□□ -2.03	not detected
CSE4	YKL049C	IES6	P32617	166 aa		2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	LTV1	P34078	463 aa		2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	MID2	P36027	376 aa		2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SRP72	P38688	640 aa	Known RBP	2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	PTI1	P39927	425 aa	Predicted RBP	2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	CLD1	P53264	445 aa		2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YGR117C	P53270	476 aa		2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	SPR6	Q01684	191 aa		2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	MFG1	Q07684	458 aa		2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	GPM3	Q12326	303 aa		2.37	□□□□□ -2.03
CSE4	YKL049C	YCR024C-B	Q3E7Z8	88 aa		2.37	□□□□□ -2.03

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