RNA–Protein interactions for RNA: YLR132C

USB1, Transcript of Putative phosphodiesterase specific for U6 snRNA 3' end modification, yeast

Gene USB1, Length 873 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
USB1	YLR132C	VTC3	Q02725	835 aa		4.25	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	ECM22	Q05958	814 aa	Predicted RBP	4.25	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	PIG1	Q06216	648 aa		4.25	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	TSR2	Q06672	205 aa	Known RBP	4.25	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	INP53	Q12271	1107 aa		4.25	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	KRS1	P15180	591 aa	Known RBP	4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	TKL1	P23254	680 aa	Known RBP	4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	CNA1	P23287	553 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YCK1	P23291	538 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	ADH7	P25377	361 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	PCI8	P40512	444 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YFR020W	P43600	232 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	STB2	P46679	850 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	VPS25	P47142	202 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	DIA3	P52290	468 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	DUO1	P53168	247 aa	Known RBP	4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YGL036W	P53185	909 aa	Predicted RBP	4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YNR061C	P53747	219 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	BUD22	Q04347	519 aa	Known RBP	4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	PFA4	Q12006	378 aa		4.24	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YIL177C	P40434	1758 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YJL225C	P40889	1758 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	INH1	P01097	85 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	RPL19A	P0CX82	189 aa	Known RBP	4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	RPL19B	P0CX83	189 aa	Predicted RBP	4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	LCB1	P25045	558 aa	Known RBP	4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	PEP3	P27801	918 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	ASK1	P35734	292 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	TOM71	P38825	639 aa	Known RBP	4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YIL024C	P40543	189 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	STR3	P53101	465 aa	Known RBP	4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YMR178W	Q03219	274 aa	Known RBP	4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	ARP9	Q05123	467 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	RCN2	Q12044	265 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	MED1	Q12321	566 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	RTP1	Q12751	981 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	RSF2	P46974	1380 aa		4.23	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	GPA1	P08539	472 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	MRP7	P12687	371 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	JNM1	P36224	373 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	SPC97	P38863	823 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	FLC2	P39719	783 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	VRG4	P40107	337 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	MEP2	P41948	499 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	RPS7B	P48164	190 aa	Known RBP	4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	UPF3	P48412	387 aa	Known RBP	4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	YGR127W	P53275	312 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	MRPL1	Q04599	285 aa		4.22	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	IKI3	Q06706	1349 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	APC1	P53886	1748 aa		4.21	□□□□□ -1.73
USB1	YLR132C	GCN4	P03069	281 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	PWP1	P21304	576 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YIH1	P25637	258 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	PXL1	P36166	706 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	STV1	P37296	890 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	FLO5	P38894	1075 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	PTR3	P43606	678 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	RMD8	P43620	662 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YML037C	Q03703	340 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	NMD4	Q12129	218 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	LEU9	Q12166	604 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ADE6	P38972	1358 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	RIM15	P43565	1770 aa		4.21	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YER145C-A	A0A023PYF4	145 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	RPB8	P20436	146 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	STE50	P25344	346 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	SGF29	P25554	259 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	POL4	P25615	582 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	CMK1	P27466	446 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	SNU114	P36048	1008 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YMR124W	P39523	943 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	FAR3	P46671	204 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YPT11	P48559	417 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	RBG2	P53295	368 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	RPT6	Q01939	405 aa	Known RBP	4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YKU80	Q04437	629 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ARP10	Q04549	284 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	MCP2	Q06567	569 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	POS5	Q06892	414 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	FRE3	Q08905	711 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ATX2	Q12067	313 aa		4.2	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YPR089W	O13585	888 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	CHO1	P08456	276 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YER190C-B	P0CX94	160 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YEL077W-A	P0CX95	160 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YGR296C-B	P0CX96	160 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YPL283W-B	P0CX97	160 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YPR204C-A	P0CX98	160 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	REG2	P38232	338 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	DBP8	P38719	431 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ARF3	P40994	183 aa	RIP-Chip data	4.19	□□□□□ -1.74	not detected
USB1	YLR132C	VID30	P53076	958 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	EMI2	Q04409	500 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ETT1	Q08421	412 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	CTI6	Q08923	506 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	FMP40	Q08968	688 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	HER1	Q12276	1246 aa		4.19	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	MF(ALPHA)1	P01149	165 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	GAL4	P04386	881 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ARG81	P05085	880 aa		4.18	□□□□□ -1.74

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