Protein–RNA interactions for Protein: Q12129

NMD4, Nonsense-mediated decay protein 4, yeastyeast

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (RIP-Chip)
Gene UniProt Accession Gene Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score Detected Interaction
NMD4Q12129 YML009W-BYML009W-B 477 nt19.63■□□□□ 0.73
NMD4Q12129 NSR1YGR159C 1245 nt19.59■□□□□ 0.73
NMD4Q12129 NOP1YDL014W 984 nt19.07■□□□□ 0.64
NMD4Q12129 YKL036CYKL036C 393 nt17.47■□□□□ 0.39
NMD4Q12129 MDJ1YFL016C 1536 nt17.47■□□□□ 0.39
NMD4Q12129 SRX1YKL086W 384 nt16.62■□□□□ 0.25
NMD4Q12129 Q0297Q0297 156 nt16.61■□□□□ 0.25
NMD4Q12129 YJL027CYJL027C 417 nt16.3■□□□□ 0.2
NMD4Q12129 SCS3YGL126W 1143 nt15.81■□□□□ 0.12
NMD4Q12129 YCR051WYCR051W 669 nt15.79■□□□□ 0.12
NMD4Q12129 DBP2YNL112W 1641 nt15.38■□□□□ 0.05
NMD4Q12129 YOL085CYOL085C 342 nt15.11■□□□□ 0.01
NMD4Q12129 TRN1tP(UGG)A 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 SUF9tP(UGG)F 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 SUF8tP(UGG)H 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 tP(UGG)LtP(UGG)L 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 SUF7tP(UGG)M 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 tP(UGG)N1tP(UGG)N1 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 tP(UGG)N2tP(UGG)N2 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 tP(UGG)O1tP(UGG)O1 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 SUF11tP(UGG)O2 72 nt15.07■□□□□ 0
NMD4Q12129 CCC1YLR220W 969 nt14.97□□□□□ -0.01
NMD4Q12129 YBR190WYBR190W 312 nt14.94□□□□□ -0.02
NMD4Q12129 RPP1BYDL130W 321 nt14.92□□□□□ -0.02
NMD4Q12129 PKP1YIL042C 1185 nt14.91□□□□□ -0.02
NMD4Q12129 RTC3YHR087W 336 nt14.64□□□□□ -0.07
NMD4Q12129 RVS167YDR388W 1449 nt14.53□□□□□ -0.08
NMD4Q12129 SCJ1YMR214W 1134 nt14.34□□□□□ -0.11
NMD4Q12129 PET122YER153C 765 nt14.25□□□□□ -0.13
NMD4Q12129 tP(UGG)O3tP(UGG)O3 72 nt14.25□□□□□ -0.13
NMD4Q12129 SCR1SCR1 522 nt14.13□□□□□ -0.15
NMD4Q12129 ATS1YAL020C 1002 nt14.12□□□□□ -0.15
NMD4Q12129 SHR5YOL110W 714 nt13.96□□□□□ -0.17
NMD4Q12129 RRN5YLR141W 1092 nt13.84□□□□□ -0.19
NMD4Q12129 YDJ1YNL064C 1230 nt13.77□□□□□ -0.21
NMD4Q12129 SSA3YBL075C 1950 nt13.71□□□□□ -0.21
NMD4Q12129 URN1YPR152C 1398 nt13.64□□□□□ -0.23
NMD4Q12129 DEP1YAL013W 1218 nt13.61□□□□□ -0.23
NMD4Q12129 PUT4YOR348C 1884 nt13.6□□□□□ -0.23
NMD4Q12129 YER088W-BYER088W-B 147 nt13.56□□□□□ -0.24
NMD4Q12129 RSB1YOR049C 1065 nt13.55□□□□□ -0.24
NMD4Q12129 GAR1YHR089C 618 nt13.5□□□□□ -0.25
NMD4Q12129 OPI9YLR338W 858 nt13.45□□□□□ -0.26
NMD4Q12129 RPN10YHR200W 807 nt13.44□□□□□ -0.26
NMD4Q12129 YNL208WYNL208W 600 nt13.39□□□□□ -0.27
NMD4Q12129 SAH1YER043C 1350 nt13.39□□□□□ -0.27
NMD4Q12129 ARE1YCR048W 1833 nt13.33□□□□□ -0.28
NMD4Q12129 POA1YBR022W 534 nt13.21□□□□□ -0.29
NMD4Q12129 YHR049C-AYHR049C-A 297 nt13.19□□□□□ -0.3
NMD4Q12129 PST2YDR032C 597 nt13.08□□□□□ -0.32
NMD4Q12129 PUN1YLR414C 792 nt13.08□□□□□ -0.32
NMD4Q12129 TIR1YER011W 765 nt13.04□□□□□ -0.32
NMD4Q12129 YJR018WYJR018W 363 nt13.01□□□□□ -0.33
NMD4Q12129 PTC2YER089C 1395 nt12.93□□□□□ -0.34
NMD4Q12129 BSC6YOL137W 1494 nt12.92□□□□□ -0.34
NMD4Q12129 BUD23YCR047C 828 nt12.91□□□□□ -0.34
NMD4Q12129 SSA1YAL005C 1929 nt12.88□□□□□ -0.35
NMD4Q12129 NAB2YGL122C 1578 nt12.78□□□□□ -0.36
NMD4Q12129 RPP2BYDR382W 333 nt12.76□□□□□ -0.37
NMD4Q12129 YJR120WYJR120W 351 nt12.7□□□□□ -0.38
NMD4Q12129 Q0182Q0182 405 nt12.68□□□□□ -0.38
NMD4Q12129 FPR4YLR449W 1179 nt12.6□□□□□ -0.39
NMD4Q12129 SRB2YHR041C 633 nt12.59□□□□□ -0.39
NMD4Q12129 DAL1YIR027C 1383 nt12.58□□□□□ -0.4
NMD4Q12129 INM2YDR287W 879 nt12.58□□□□□ -0.4
NMD4Q12129 SHU1YHL006C 453 nt12.57□□□□□ -0.4
NMD4Q12129 YKL097CYKL097C 411 nt12.54□□□□□ -0.4
NMD4Q12129 FIS1YIL065C 468 nt12.53□□□□□ -0.4
NMD4Q12129 PHO4YFR034C 939 nt12.46□□□□□ -0.41
NMD4Q12129 WWM1YFL010C 636 nt12.45□□□□□ -0.42
NMD4Q12129 YAL037C-BYAL037C-B 975 nt12.44□□□□□ -0.42
NMD4Q12129 BDH2YAL061W 1254 nt12.44□□□□□ -0.42
NMD4Q12129 YBL100CYBL100C 315 nt12.43□□□□□ -0.42
NMD4Q12129 YGR021WYGR021W 873 nt12.37□□□□□ -0.43
NMD4Q12129 SPT5YML010W 3192 nt12.29□□□□□ -0.44
NMD4Q12129 HOM6YJR139C 1080 nt12.28□□□□□ -0.44
NMD4Q12129 LSM3YLR438C-A 270 nt12.27□□□□□ -0.45
NMD4Q12129 FUN26YAL022C 1554 nt12.26□□□□□ -0.45
NMD4Q12129 YFL021C-AYFL021C-A 855 nt12.26□□□□□ -0.45
NMD4Q12129 TRM9YML014W 840 nt12.26□□□□□ -0.45
NMD4Q12129 YPS1YLR120C 1710 nt12.24□□□□□ -0.45
NMD4Q12129 MNP1YGL068W 585 nt12.21□□□□□ -0.45
NMD4Q12129 ALF1YNL148C 765 nt12.16□□□□□ -0.46
NMD4Q12129 YHR165W-AYHR165W-A 312 nt12.15□□□□□ -0.46
NMD4Q12129 YDR095CYDR095C 411 nt12.14□□□□□ -0.47
NMD4Q12129 MEP2YNL142W 1500 nt12.14□□□□□ -0.47
NMD4Q12129 RKM5YLR137W 1104 nt12.11□□□□□ -0.47
NMD4Q12129 CCT6YDR188W 1641 nt12.1□□□□□ -0.47
NMD4Q12129 SSA4YER103W 1929 nt12.08□□□□□ -0.48
NMD4Q12129 MOT3YMR070W 1473 nt12.08□□□□□ -0.48
NMD4Q12129 SUF2tP(AGG)C 72 nt12.05□□□□□ -0.48
NMD4Q12129 SUF10tP(AGG)N 72 nt12.05□□□□□ -0.48
NMD4Q12129 NPL3YDR432W 1245 nt12.01□□□□□ -0.49
NMD4Q12129 YOR139CYOR139C 393 nt12.01□□□□□ -0.49
NMD4Q12129 YOL037CYOL037C 354 nt11.98□□□□□ -0.49
NMD4Q12129 RPP2AYOL039W 321 nt11.94□□□□□ -0.5
NMD4Q12129 DCW1YKL046C 1350 nt11.93□□□□□ -0.5
NMD4Q12129 SIS1YNL007C 1059 nt11.92□□□□□ -0.5
NMD4Q12129 PTP1YDL230W 1008 nt11.85□□□□□ -0.51
NMD4Q12129 EMI2YDR516C 1503 nt11.81□□□□□ -0.52
Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 83.6 ms