RNA–Protein interactions for RNA: YHR004C

NEM1, Transcript of Probable catalytic subunit of Nem1p-Spo7p phosphatase holoenzyme, yeast

Gene NEM1, Length 1,341 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NEM1	YHR004C	YNK1	P36010	153 aa	Known RBP	4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	PHD1	P36093	366 aa		4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	APM3	P38153	483 aa		4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	SRP72	P38688	640 aa	Known RBP	4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	YIL060W	P40519	144 aa		4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	BTN2	P53286	410 aa		4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	MRPL19	P53875	158 aa		4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	MRPL13	Q02204	264 aa		4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	RLP24	Q07915	199 aa	Known RBP	4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	SFI1	Q12369	946 aa		4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	SET6	Q12529	373 aa		4.01	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	NUC1	P08466	329 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	LSB5	P25369	354 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	MIA40	P36046	403 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	MRPL36	P36531	177 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	RPH1	P39956	796 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	ERR3	P42222	437 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	BNA1	P47096	177 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	VPS9	P54787	451 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	RPM2	Q02773	1202 aa		4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	ERP1	Q05359	219 aa	Known RBP	4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	RRG1	Q12167	365 aa	Predicted RBP	4	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	PFK2	P16862	959 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.99	□□□□□ -1.77	not detected
NEM1	YHR004C	MCM4	P30665	933 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	AGA1	P32323	725 aa		3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	NPL6	P32832	435 aa		3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	UME6	P39001	836 aa		3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	JEM1	P40358	645 aa		3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	ARF3	P40994	183 aa	RIP-Chip data	3.99	□□□□□ -1.77	RIP-Chip
NEM1	YHR004C	RTT101	P47050	842 aa		3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	GPI8	P49018	411 aa		3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	YGR016W	P53209	190 aa		3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	CPR6	P53691	371 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	PRP3	Q03338	469 aa	Predicted RBP	3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	SYF1	Q04048	859 aa	Predicted RBP	3.99	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	MCK1	P21965	375 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	RAD16	P31244	790 aa		3.98	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	GEX2	P36173	615 aa		3.98	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	YTA12	P40341	825 aa		3.98	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	COS10	P52924	374 aa		3.98	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	MSS11	Q03825	758 aa		3.98	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	VAM6	Q07468	1049 aa		3.98	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	SEM1	O94742	89 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	MTF1	P14908	341 aa	Known RBP	3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	ACH1	P32316	526 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	PAH1	P32567	862 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	RXT2	P38255	430 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	LRP1	P38801	184 aa	Known RBP	3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	YER130C	P39959	443 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	NNF2	P53253	936 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	CWC22	P53333	577 aa	Known RBP	3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	CBK1	P53894	756 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	FMP45	Q07651	309 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	RDR1	Q08904	546 aa		3.97	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	ATP2	P00830	511 aa	Known RBP	3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	STF1	P01098	86 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	MUD2	P36084	527 aa	Known RBP	3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	BYE1	P36106	594 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	PSF2	P40359	213 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	SWP82	P43554	623 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	YFR020W	P43600	232 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	IRC6	P43615	237 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	OCA1	P50946	238 aa	Predicted RBP	3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	IST1	P53843	298 aa	Predicted RBP	3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	TAF11	Q04226	346 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	YDR341C	Q05506	607 aa	Known RBP	3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	CIA1	Q05583	330 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	HSP42	Q12329	375 aa		3.96	□□□□□ -1.77
NEM1	YHR004C	FUM1	P08417	488 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	AAC3	P18238	307 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	ESL2	P36168	1195 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	NPR3	P38742	1146 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	UTP9	P38882	575 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	POP2	P39008	433 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	PRE5	P40302	234 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	AXL1	P40851	1208 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	SMC3	P47037	1230 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	UPF3	P48412	387 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	PKP2	P53170	491 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	SOL4	P53315	255 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	YKU80	Q04437	629 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	HEL2	Q05580	639 aa	Known RBP	3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	ATG26	Q06321	1198 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	MTF2	P10849	440 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	PDX1	P16451	410 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	YCL049C	P25577	312 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	NDC1	P32500	655 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	SPC72	P39723	622 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	RIC1	P40395	1056 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	NBP2	Q12163	236 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	ISA2	Q12425	185 aa		3.95	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	SNF1	P06782	633 aa	Known RBP	3.94	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	RED1	P14291	827 aa		3.94	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	TPM1	P17536	199 aa	Known RBP	3.94	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	TYR1	P20049	452 aa		3.94	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	UBC1	P21734	215 aa	Known RBP	3.94	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	AGP2	P38090	596 aa		3.94	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	PES4	P39684	611 aa		3.94	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	YER010C	P40011	234 aa		3.94	□□□□□ -1.78
NEM1	YHR004C	MEP1	P40260	492 aa		3.94	□□□□□ -1.78

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