RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	UBE4A	Q14139	1066 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	STK32B	Q9NY57	414 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	FOXN1	O15353	648 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CUL4B	Q13620	913 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	IL17A	Q16552	155 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TMC4	Q7Z404	712 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	OXER1	Q8TDS5	423 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CLIC6	Q96NY7	704 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	OTOF	Q9HC10	1997 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SBK1	Q52WX2	424 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	REXO1L1P	Q8IX06	675 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CEP57L1	Q8IYX8	460 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MYL10	Q9BUA6	226 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM5	Q9C035	493 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PAXBP1	Q9Y5B6	917 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC69	A6NI79	296 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SEMA3E	O15041	775 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ATP1A3	P13637	1013 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	NPR1	P16066	1061 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	RXRA	P19793	462 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP2R5B	Q15173	497 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CTR9	Q6PD62	1173 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	VSTM4	Q8IW00	320 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PTMA	P06454	111 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PRR29	P0C7W0	189 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	GPSM2	P81274	684 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	FANCB	Q8NB91	859 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MTR	Q99707	1265 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	FOSB	P53539	338 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MAP3K12	Q12852	859 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CT47A1	Q5JQC4	288 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CDKAL1	Q5VV42	579 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MTFR1L	Q9H019	292 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MAN1B1	Q9UKM7	699 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PCDHB6	Q9Y5E3	794 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	BTBD18	B2RXH4	712 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PNOC	Q13519	176 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM67	Q5HYA8	995 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF654	Q8IZM8	581 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP1R13B	Q96KQ4	1090 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	POLL	Q9UGP5	575 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	BBOX1	O75936	387 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	DEXI	O95424	95 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC3A2	P08195	630 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PRELP	P51888	382 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	GSDMD	P57764	484 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	AIDA	Q96BJ3	306 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	ZSCAN20	P17040	1043 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	NLRP3	Q96P20	1036 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	STK38	Q15208	465 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM205A	Q6ZU69	1335 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	MASTL	Q96GX5	879 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	PCDHA5	Q9Y5H7	936 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM205C	A6NFA0	338 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SYK	P43405	635 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	FANCC	Q00597	558 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NR1I3	Q14994	352 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	GORAB	Q5T7V8	394 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	USP49	Q70CQ1	688 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KRI1	Q8N9T8	703 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIML1	Q8N9V2	468 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	UBXN6	Q9BZV1	441 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNH3	Q9ULD8	1083 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MYH4	Q9Y623	1939 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SCN4A	P35499	1836 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	SKIL	P12757	684 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	H2AFX	P16104	143 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MARCKS	P29966	332 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NT5C2	P49902	561 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ST5	P78524	1137 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	DPYD	Q12882	1025 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	NR5A1	Q13285	461 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	PDXDC2P	Q6P474	469 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	MICU3	Q86XE3	530 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	TMTC2	Q8N394	836 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-215	ENST00000460912	ENOX1	Q8TC92	643 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8

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