RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GINM1	Q9NU53	330 aa		14.55	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	HLA-DOA	P06340	250 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP5J	P18859	108 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	USP5	P45974	858 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PLCD1	P51178	756 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GABPA	Q06546	454 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	POTEE	Q6S8J3	1075 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD13C	Q8N6S4	541 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PNMA3	Q9UL41	463 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		14.54	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	ATAD5	Q96QE3	1844 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEB6P1	A0A0J9YX57	407 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	GH2	P01242	217 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	CHGB	P05060	677 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SHMT1	P34896	483 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	FLT3LG	P49771	235 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	LCORL	Q8N3X6	602 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	RAET1E	Q8TD07	263 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	HAUS7	Q99871	368 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	EMILIN3	Q9NT22	766 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	MORF4L1	Q9UBU8	362 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		14.53	□□□□□ -0.08
PTPRF-211	ENST00000467464	USP17L10	C9JJH3	530 aa		14.52	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	SMARCA5	O60264	1052 aa	Predicted RBP	14.52	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC34A2	O95436	690 aa		14.52	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	GUCY1A2	P33402	732 aa		14.52	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ADD2	P35612	726 aa		14.52	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	14.52	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	IRF5	Q13568	498 aa		14.52	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		14.52	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	C19orf81	C9J6K1	198 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	PEX10	O60683	326 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	CCL5	P13501	91 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	PABPC4	Q13310	644 aa	Known RBP eCLIP	14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2Q1	Q7Z7E8	422 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC6	Q86TZ1	520 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	SLAIN1	Q8ND83	568 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	C12orf42	Q96LP6	360 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRCC1	Q9C099	1032 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TXNRD2	Q9NNW7	524 aa		14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	DCP1A	Q9NPI6	582 aa	Predicted RBP	14.51	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ADCY3	O60266	1144 aa		14.5	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ELN	P15502	786 aa		14.5	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	PXYLP1	Q8TE99	480 aa		14.5	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		14.5	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	14.5	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ARMT1	Q9H993	441 aa		14.5	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		14.5	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	GJD2	Q9UKL4	321 aa		14.5	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM22	K7EJ46	135 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKAB2	O43741	272 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	GJB1	P08034	283 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2D6	P10635	497 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	GJA8	P48165	433 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	HERVK_113	P62684	666 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ACER1	Q8TDN7	264 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	BCL11A	Q9H165	835 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	UNC93B1	Q9H1C4	597 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	DCTPP1	Q9H773	170 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	RBPJL	Q9UBG7	517 aa		14.49	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	MBD4	O95243	580 aa		14.48	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	INHA	P05111	366 aa		14.48	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	IRX3	P78415	501 aa	Predicted RBP	14.48	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE3C	Q15386	1083 aa		14.48	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ABCB5	Q2M3G0	1257 aa		14.48	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	14.48	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		14.48	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	MGAM	O43451	1857 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	NAV1	Q8NEY1	1877 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	CNMD	O75829	334 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	UBXN2A	P68543	259 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC44A5	Q8NCS7	719 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	COA7	Q96BR5	231 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF208	Q9H0X6	261 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP8A2	Q9NTI2	1148 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		14.47	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PRG0	241 aa		14.46	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	VCAM1	P19320	739 aa		14.46	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	SEPT2	Q15019	361 aa		14.46	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB3GAP1	Q15042	981 aa		14.46	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464		Q3C1V9	767 aa		14.46	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		14.46	□□□□□ -0.09
PTPRF-211	ENST00000467464	U2AF1L4	Q8WU68	220 aa	Known RBP	14.46	□□□□□ -0.09

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