RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000552253.1

PTPRB-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 2

Gene PTPRB, Length 2,373 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-211ENST00000552253 FOXD1Q16676 465 aa8.75□□□□□ -1.01
PTPRB-211ENST00000552253 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa8.74□□□□□ -1.01
PTPRB-211ENST00000552253 TIAM1Q13009 1591 aa8.74□□□□□ -1.01
PTPRB-211ENST00000552253 FANCD2Q9BXW9 1451 aa8.71□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa8.7□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 PHLDB1Q86UU1 1377 aa8.69□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP8.69□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 MAPKBP1O60336 1514 aa8.69□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa8.69□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa8.69□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 DNMBPQ6XZF7 1577 aa8.68□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa8.68□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 TOPBP1Q92547 1522 aa8.68□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 CFAP43Q8NDM7 1665 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 NESP48681 1621 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 FHAD1B1AJZ9 1412 aa8.65□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 ITGAEP38570 1179 aa8.65□□□□□ -1.02
PTPRB-211ENST00000552253 SETD5Q9C0A6 1442 aa8.65□□□□□ -1.03
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PTPRB-211ENST00000552253 P3H3Q8IVL6 736 aa8.63□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 FHOD3Q2V2M9 1422 aa8.63□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa8.63□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 WDR97A6NE52 1622 aa8.62□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 EFCAB5A4FU69 1503 aa8.62□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 CUL7Q14999 1698 aa8.62□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP8.62□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 FYCO1Q9BQS8 1478 aa8.62□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP8.61□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP8.61□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa8.61□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa8.59□□□□□ -1.03
PTPRB-211ENST00000552253 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa8.58□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 SIN3AQ96ST3 1273 aa8.58□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa8.58□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa8.57□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 SAMD9Q5K651 1589 aa8.57□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP8.57□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 MYT1Q01538 1121 aa8.57□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 PTPRKQ15262 1439 aa8.56□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 DNAJC5BQ9UF47 199 aa8.56□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP8.56□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 FMN1Q68DA7 1419 aa8.55□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 FGD6Q6ZV73 1430 aa8.55□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 GRIN2BQ13224 1484 aa8.55□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa8.55□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 KCNH8Q96L42 1107 aa8.54□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP8.54□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 GAPVD1Q14C86 1478 aa8.54□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP8.54□□□□□ -1.04
PTPRB-211ENST00000552253 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP8.52□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 ARHGEF11O15085 1522 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 PPP4R3CPQ6ZMV5 832 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 HFM1A2PYH4 1435 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 NCOA2Q15596 1464 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 PDS5BQ9NTI5 1447 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 PTPN23Q9H3S7 1636 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 NAIPQ13075 1403 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 MYOM3Q5VTT5 1437 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 KDM5BQ9UGL1 1544 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 MTUS2Q5JR59 1369 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 CCDC18Q5T9S5 1454 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 UACAQ9BZF9 1416 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 UGGT2Q9NYU1 1516 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP8.47□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP8.46□□□□□ -1.05
PTPRB-211ENST00000552253 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP8.46□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP8.46□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 PBRM1Q86U86 1689 aa8.44□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 ADAMTS12P58397 1594 aa8.43□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 KDM6BO15054 1643 aa8.42□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP8.42□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 IQGAP2Q13576 1575 aa8.42□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 CCER2I3L3R5 266 aa8.42□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 GCC2Q8IWJ2 1684 aa8.41□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 TONSLQ96HA7 1378 aa8.41□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 HECW1Q76N89 1606 aa8.41□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 WDR62O43379 1518 aa8.41□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 AKNAQ7Z591 1439 aa8.41□□□□□ -1.06
PTPRB-211ENST00000552253 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP8.4□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 MIA2Q96PC5 1412 aa8.4□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa8.4□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 MRC2Q9UBG0 1479 aa8.39□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 DISP1Q96F81 1524 aa8.38□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP8.38□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa8.37□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 CHIC2Q9UKJ5 165 aa8.37□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 ZBTB22O15209 634 aa8.37□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 PIAS4Q8N2W9 510 aaPredicted RBP8.36□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 ANP32CO43423 234 aa8.36□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 NPM3O75607 178 aaKnown RBP8.36□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 MPHOSPH9Q99550 1183 aa8.35□□□□□ -1.07
PTPRB-211ENST00000552253 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa8.35□□□□□ -1.07
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