RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000482056.2

C9orf3-218, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene C9orf3, Length 1,951 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-218ENST00000482056 CUL7Q14999 1698 aa22.42■■□□□ 1.18
C9orf3-218ENST00000482056 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP22.41■■□□□ 1.18
C9orf3-218ENST00000482056 TOPBP1Q92547 1522 aa22.41■■□□□ 1.18
C9orf3-218ENST00000482056 EFCAB5A4FU69 1503 aa22.4■■□□□ 1.18
C9orf3-218ENST00000482056 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.38■■□□□ 1.17
C9orf3-218ENST00000482056 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP22.37■■□□□ 1.17
C9orf3-218ENST00000482056 ITGAEP38570 1179 aa22.36■■□□□ 1.17
C9orf3-218ENST00000482056 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.35■■□□□ 1.17
C9orf3-218ENST00000482056 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa22.34■■□□□ 1.17
C9orf3-218ENST00000482056 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa22.34■■□□□ 1.17
C9orf3-218ENST00000482056 FYCO1Q9BQS8 1478 aa22.34■■□□□ 1.17
C9orf3-218ENST00000482056 SETD5Q9C0A6 1442 aa22.32■■□□□ 1.16
C9orf3-218ENST00000482056 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.31■■□□□ 1.16
C9orf3-218ENST00000482056 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa22.3■■□□□ 1.16
C9orf3-218ENST00000482056 PHLDB1Q86UU1 1377 aa22.29■■□□□ 1.16
C9orf3-218ENST00000482056 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa22.28■■□□□ 1.16
C9orf3-218ENST00000482056 NESP48681 1621 aa22.27■■□□□ 1.16
C9orf3-218ENST00000482056 FHOD3Q2V2M9 1422 aa22.27■■□□□ 1.16
C9orf3-218ENST00000482056 WDR97A6NE52 1622 aa22.26■■□□□ 1.15
C9orf3-218ENST00000482056 P3H3Q8IVL6 736 aa22.25■■□□□ 1.15
C9orf3-218ENST00000482056 MAPKBP1O60336 1514 aa22.24■■□□□ 1.15
C9orf3-218ENST00000482056 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP22.24■■□□□ 1.15
C9orf3-218ENST00000482056 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP22.23■■□□□ 1.15
C9orf3-218ENST00000482056 FMN1Q68DA7 1419 aa22.23■■□□□ 1.15
C9orf3-218ENST00000482056 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP22.21■■□□□ 1.15
C9orf3-218ENST00000482056 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.19■■□□□ 1.14
C9orf3-218ENST00000482056 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.17■■□□□ 1.14
C9orf3-218ENST00000482056 PDS5BQ9NTI5 1447 aa22.14■■□□□ 1.13
C9orf3-218ENST00000482056 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa22.12■■□□□ 1.13
C9orf3-218ENST00000482056 SAMD9Q5K651 1589 aa22.12■■□□□ 1.13
C9orf3-218ENST00000482056 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.11■■□□□ 1.13
C9orf3-218ENST00000482056 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa22.1■■□□□ 1.13
C9orf3-218ENST00000482056 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.13
C9orf3-218ENST00000482056 FGD6Q6ZV73 1430 aa22.08■■□□□ 1.12
C9orf3-218ENST00000482056 MTUS2Q5JR59 1369 aa22.07■■□□□ 1.12
C9orf3-218ENST00000482056 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa22.06■■□□□ 1.12
C9orf3-218ENST00000482056 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.06■■□□□ 1.12
C9orf3-218ENST00000482056 GRIN2BQ13224 1484 aa22■■□□□ 1.11
C9orf3-218ENST00000482056 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP22■■□□□ 1.11
C9orf3-218ENST00000482056 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa21.98■■□□□ 1.11
C9orf3-218ENST00000482056 SIN3AQ96ST3 1273 aa21.98■■□□□ 1.11
C9orf3-218ENST00000482056 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa21.98■■□□□ 1.11
C9orf3-218ENST00000482056 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
C9orf3-218ENST00000482056 NCOA2Q15596 1464 aa21.95■■□□□ 1.1
C9orf3-218ENST00000482056 MYOM3Q5VTT5 1437 aa21.95■■□□□ 1.1
C9orf3-218ENST00000482056 CCDC18Q5T9S5 1454 aa21.95■■□□□ 1.1
C9orf3-218ENST00000482056 HFM1A2PYH4 1435 aa21.94■■□□□ 1.1
C9orf3-218ENST00000482056 PTPN23Q9H3S7 1636 aa21.92■■□□□ 1.1
C9orf3-218ENST00000482056 PBRM1Q86U86 1689 aa21.92■■□□□ 1.1
C9orf3-218ENST00000482056 UACAQ9BZF9 1416 aa21.91■■□□□ 1.1
C9orf3-218ENST00000482056 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP21.89■■□□□ 1.09
C9orf3-218ENST00000482056 HECW1Q76N89 1606 aa21.88■■□□□ 1.09
C9orf3-218ENST00000482056 UGGT2Q9NYU1 1516 aa21.88■■□□□ 1.09
C9orf3-218ENST00000482056 TONSLQ96HA7 1378 aa21.87■■□□□ 1.09
C9orf3-218ENST00000482056 IQGAP2Q13576 1575 aa21.85■■□□□ 1.09
C9orf3-218ENST00000482056 ARHGEF11O15085 1522 aa21.84■■□□□ 1.09
C9orf3-218ENST00000482056 PTPRKQ15262 1439 aa21.84■■□□□ 1.09
C9orf3-218ENST00000482056 NAIPQ13075 1403 aa21.83■■□□□ 1.09
C9orf3-218ENST00000482056 ADAMTS12P58397 1594 aa21.82■■□□□ 1.08
C9orf3-218ENST00000482056 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP21.82■■□□□ 1.08
C9orf3-218ENST00000482056 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP21.8■■□□□ 1.08
C9orf3-218ENST00000482056 MRC2Q9UBG0 1479 aa21.79■■□□□ 1.08
C9orf3-218ENST00000482056 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP21.77■■□□□ 1.08
C9orf3-218ENST00000482056 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa21.77■■□□□ 1.08
C9orf3-218ENST00000482056 GCC2Q8IWJ2 1684 aa21.76■■□□□ 1.07
C9orf3-218ENST00000482056 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP21.75■■□□□ 1.07
C9orf3-218ENST00000482056 AKNAQ7Z591 1439 aa21.74■■□□□ 1.07
C9orf3-218ENST00000482056 DNAJC5BQ9UF47 199 aa21.73■■□□□ 1.07
C9orf3-218ENST00000482056 MIA2Q96PC5 1412 aa21.72■■□□□ 1.07
C9orf3-218ENST00000482056 CCER2I3L3R5 266 aa21.72■■□□□ 1.07
C9orf3-218ENST00000482056 WDR62O43379 1518 aa21.71■■□□□ 1.07
C9orf3-218ENST00000482056 ANP32CO43423 234 aa21.71■■□□□ 1.07
C9orf3-218ENST00000482056 IFT140Q96RY7 1462 aa21.69■■□□□ 1.06
C9orf3-218ENST00000482056 KCNH8Q96L42 1107 aa21.68■■□□□ 1.06
C9orf3-218ENST00000482056 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP21.65■■□□□ 1.06
C9orf3-218ENST00000482056 MYT1Q01538 1121 aa21.65■■□□□ 1.06
C9orf3-218ENST00000482056 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP21.64■■□□□ 1.05
C9orf3-218ENST00000482056 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa21.64■■□□□ 1.05
C9orf3-218ENST00000482056 CHIC2Q9UKJ5 165 aa21.61■■□□□ 1.05
C9orf3-218ENST00000482056 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa21.61■■□□□ 1.05
C9orf3-218ENST00000482056 TRIM52Q96A61 297 aa21.6■■□□□ 1.05
C9orf3-218ENST00000482056 KIAA0556O60303 1618 aa21.6■■□□□ 1.05
C9orf3-218ENST00000482056 KDM5BQ9UGL1 1544 aa21.59■■□□□ 1.05
C9orf3-218ENST00000482056 ROCK1Q13464 1354 aa21.56■■□□□ 1.04
C9orf3-218ENST00000482056 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP21.55■■□□□ 1.04
C9orf3-218ENST00000482056 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa21.54■■□□□ 1.04
C9orf3-218ENST00000482056 KDM6BO15054 1643 aa21.54■■□□□ 1.04
C9orf3-218ENST00000482056 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP21.54■■□□□ 1.04
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C9orf3-218ENST00000482056 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP21.52■■□□□ 1.04
C9orf3-218ENST00000482056 GRIN2AQ12879 1464 aa21.52■■□□□ 1.04
C9orf3-218ENST00000482056 DAPK1P53355 1430 aa21.52■■□□□ 1.03
C9orf3-218ENST00000482056 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP21.5■■□□□ 1.03
C9orf3-218ENST00000482056 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP21.49■■□□□ 1.03
C9orf3-218ENST00000482056 ARID3CA6NKF2 412 aa21.48■■□□□ 1.03
C9orf3-218ENST00000482056 NEFLP07196 543 aa21.48■■□□□ 1.03
C9orf3-218ENST00000482056 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP21.47■■□□□ 1.03
C9orf3-218ENST00000482056 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP21.45■■□□□ 1.02
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