RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-216	ENST00000617451	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	HACL1	Q9UJ83	578 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	PASK	Q96RG2	1323 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	NTSR2	O95665	410 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	RALBP1	Q15311	655 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	PDIA6	Q15084	440 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	EPHX2	P34913	555 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	32.77	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	GPC2	Q8N158	579 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	JDP2	Q8WYK2	163 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	32.77	■■■□□ 2.84
PTPRF-216	ENST00000617451	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	32.76	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	32.76	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	32.76	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	PARP10	Q53GL7	1025 aa		32.76	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		32.76	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	32.76	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	PROSER3	Q2NL68	480 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	TNS4	Q8IZW8	715 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	COL4A5	P29400	1685 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	32.72	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	NLRP3	Q96P20	1036 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	CNTNAP1	P78357	1384 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	ANXA1	P04083	346 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	SLC51A	Q86UW1	340 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	32.71	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	32.7	■■■□□ 2.83
PTPRF-216	ENST00000617451	TMEM88B	A6NKF7	163 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	32.69	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	LARGE2	Q8N3Y3	721 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	CNTROB	Q8N137	903 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	MAP1S	Q66K74	1059 aa	Predicted RBP	32.66	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	COPS6	Q7L5N1	327 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	NECTIN2	Q92692	538 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	CHL1	O00533	1208 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	32.64	■■■□□ 2.82
PTPRF-216	ENST00000617451	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	32.63	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	NEUROD2	Q15784	382 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	NLRP10	Q86W26	655 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		32.63	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	32.63	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	ABCC4	O15439	1325 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	32.62	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	SCNN1D	P51172	638 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	32.62	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	32.62	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	VEGFB	P49765	207 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	KRT24	Q2M2I5	525 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	NIM1K	Q8IY84	436 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	VPS33B	Q9H267	617 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	LTBP1	Q14766	1721 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	PPIP5K2	O43314	1243 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	TCIRG1	Q13488	830 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	CAPN15	O75808	1086 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	BBOX1	O75936	387 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	EPS15	P42566	896 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	RUNDC1	Q96C34	613 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	32.58	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	AOC3	Q16853	763 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	32.58	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PTPRF-216	ENST00000617451	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	32.57	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	RASSF10	A6NK89	507 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	FOXN1	O15353	648 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	SP8	Q8IXZ3	490 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	32.56	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	32.55	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	32.54	■■■□□ 2.8	4e-6	■□□□□ 8.9
PTPRF-216	ENST00000617451	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		32.54	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	LAMB2	P55268	1798 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	32.53	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	32.53	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	HOXB7	P09629	217 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	MPND	Q8N594	471 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PTPRF-216	ENST00000617451	CXCL9	Q07325	125 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	GRAP	Q13588	217 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	32.51	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	GPRC5D	Q9NZD1	345 aa		32.51	■■■□□ 2.79
PTPRF-216	ENST00000617451	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		32.5	■■■□□ 2.79

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