Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
MSX1P28360 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
MSX1P28360 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
MSX1P28360 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms