Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC87Q9NVE4 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms