Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SYNE3Q6ZMZ3 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms