Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms