Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC39Q9UFE4 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC39Q9UFE4 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms