Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LHX3Q9UBR4 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms