Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL4A3Q01955 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms