Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL18A1P39060 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL18A1P39060 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms