Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMCH1Q9UPQ0 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms