Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
KLHL28Q9NXS3 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms