Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NUP88Q99567 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms