Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
VPS39Q96JC1 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms