Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
SKA3Q8IX90 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC16.71■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
SKA3Q8IX90 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.3 ms