Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS53Q5VIR6 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS53Q5VIR6 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63 ms