Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CHD3Q12873 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CHD3Q12873 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
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