Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
COL4A3Q01955 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms