Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SYNE3Q6ZMZ3 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms