Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USF3Q68DE3 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms