Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms