Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS39Q96JC1 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
VPS39Q96JC1 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms