Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS53Q5VIR6 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms