Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC87Q9NVE4 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms