Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms