Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms