Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 POLR2B-213ENST00000639658 3300 ntTSL 5 BASIC5.81□□□□□ -1.489e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RPL9-209ENST00000511075 1028 ntTSL 25.78□□□□□ -1.489e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ING5-207ENST00000484145 351 ntTSL 35.76□□□□□ -1.499e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ZNF318-203ENST00000606599 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 25.71□□□□□ -1.59e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NREP-223ENST00000515855 801 ntTSL 4 BASIC5.7□□□□□ -1.54e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TMPO-210ENST00000551987 727 ntTSL 25.69□□□□□ -1.59e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CERS5-214ENST00000548930 565 ntTSL 45.67□□□□□ -1.59e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-212ENST00000372362 468 ntTSL 1 (best) BASIC5.66□□□□□ -1.59e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ORC3-202ENST00000392844 2512 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.519e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ERCC6L2-205ENST00000456993 1822 ntTSL 1 (best)5.53□□□□□ -1.529e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-205ENST00000566215 3176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.544e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCOR3-213ENST00000529763 720 ntTSL 55.3□□□□□ -1.569e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RPL9-202ENST00000437992 579 ntTSL 45.27□□□□□ -1.579e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCOR3-201ENST00000367005 4246 ntTSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.579e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ATAD2-207ENST00000534257 544 ntTSL 45.22□□□□□ -1.579e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 APOC2-205ENST00000592257 444 ntTSL 3 BASIC5.18□□□□□ -1.589e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-232ENST00000531451 420 ntTSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.599e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCOR3-215ENST00000534460 427 ntTSL 35.09□□□□□ -1.599e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-203ENST00000428984 2986 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.04□□□□□ -1.64e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCOR3-206ENST00000485186 434 ntTSL 35.03□□□□□ -1.69e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EIF4A1-211ENST00000578754 547 ntTSL 44.97□□□□□ -1.612e-21■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DTL-203ENST00000475419 3662 ntTSL 24.96□□□□□ -1.629e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 POLR2B-207ENST00000464918 444 ntTSL 24.76□□□□□ -1.659e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NREP-211ENST00000504018 653 ntTSL 1 (best)4.5□□□□□ -1.694e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 GNL3-206ENST00000468885 263 ntTSL 1 (best)4.46□□□□□ -1.79e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ERCC6L2-208ENST00000479391 2849 ntTSL 1 (best)4.46□□□□□ -1.79e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NREP-214ENST00000507742 577 ntTSL 24.41□□□□□ -1.74e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ORC3-201ENST00000257789 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.34□□□□□ -1.719e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 FUS-208ENST00000564766 791 ntTSL 24.32□□□□□ -1.721e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-233ENST00000531816 344 ntTSL 1 (best) BASIC4.29□□□□□ -1.729e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DTL-204ENST00000489149 815 ntTSL 24.27□□□□□ -1.739e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ELOVL6-208ENST00000514184 607 ntTSL 34.26□□□□□ -1.739e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 POLR2B-203ENST00000431623 3666 ntTSL 2 BASIC4.22□□□□□ -1.739e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 POLR2B-201ENST00000314595 3748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.15□□□□□ -1.759e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCOR3-207ENST00000486666 4086 ntTSL 24.14□□□□□ -1.759e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCOR3-209ENST00000528066 569 ntTSL 34.09□□□□□ -1.759e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PSMA7-206ENST00000486193 548 ntTSL 24.08□□□□□ -1.761e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-210ENST00000626068 772 ntTSL 23.89□□□□□ -1.794e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-217ENST00000628890 424 ntTSL 33.88□□□□□ -1.794e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PDCD2-210ENST00000543284 3255 ntTSL 23.87□□□□□ -1.799e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 POLR2B-208ENST00000478188 3093 ntTSL 23.71□□□□□ -1.829e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ELOVL6-203ENST00000503885 458 ntTSL 43.64□□□□□ -1.839e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MYO19-222ENST00000620644 565 ntTSL 43.6□□□□□ -1.839e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-202ENST00000397954 2873 ntTSL 5 BASIC3.58□□□□□ -1.844e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 BIVM-ERCC5-202ENST00000638434 615 ntTSL 53.38□□□□□ -1.879e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ERCC6L2-204ENST00000426805 498 ntTSL 53.18□□□□□ -1.99e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EIF4A1-224ENST00000582213 560 ntTSL 43.04□□□□□ -1.922e-21■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-219ENST00000629886 436 ntTSL 32.75□□□□□ -1.974e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-216ENST00000628733 706 ntTSL 52.66□□□□□ -1.984e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CHMP4A-208ENST00000534106 370 ntTSL 52.54□□□□□ -29e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBR4-204ENST00000375254 15906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.05□□□□□ -1.282e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 GGA2-213ENST00000568922 1807 ntTSL 212.39□□□□□ -0.434e-8■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 P4HB-202ENST00000415593 1669 ntTSL 1 (best)17.36■□□□□ 0.372e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 P4HB-210ENST00000476482 765 ntTSL 1 (best)11.8□□□□□ -0.522e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TCIRG1-214ENST00000533005 1655 ntTSL 522.65■■□□□ 1.222e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TCIRG1-205ENST00000525724 1864 ntTSL 519.37■□□□□ 0.692e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 22e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.672e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 UCK1-208ENST00000491309 2237 ntTSL 217.61■□□□□ 0.412e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.062e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 UCK1-209ENST00000494584 788 ntTSL 513.95□□□□□ -0.182e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 UCK1-202ENST00000372210 2051 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.292e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.527e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.347e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.593e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.463e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-225ENST00000464894 754 ntTSL 516.63■□□□□ 0.253e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-217ENST00000460051 630 ntTSL 1 (best)16.26■□□□□ 0.193e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.153e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.133e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-255ENST00000490622 1579 ntTSL 215.83■□□□□ 0.133e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-226ENST00000465927 893 ntTSL 315□□□□□ -0.013e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-264ENST00000597212 638 ntTSL 313.55□□□□□ -0.243e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-220ENST00000462126 622 ntTSL 313.24□□□□□ -0.293e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-251ENST00000488542 1074 ntTSL 313.24□□□□□ -0.293e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-247ENST00000483855 606 ntTSL 1 (best)13.24□□□□□ -0.293e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-203ENST00000402589 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.24□□□□□ -0.293e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-258ENST00000493979 648 ntTSL 1 (best)12.78□□□□□ -0.363e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-259ENST00000498211 666 ntTSL 1 (best)12.78□□□□□ -0.363e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-224ENST00000464709 822 ntTSL 1 (best)12.78□□□□□ -0.363e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-228ENST00000467532 877 ntTSL 312.78□□□□□ -0.363e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.54□□□□□ -0.43e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-244ENST00000480502 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.3□□□□□ -0.443e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-256ENST00000492341 738 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.78□□□□□ -0.523e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-211ENST00000436012 848 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.56□□□□□ -0.723e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-257ENST00000493517 505 ntTSL 510.08□□□□□ -0.83e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-252ENST00000488762 691 ntTSL 39.92□□□□□ -0.823e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-222ENST00000462721 970 ntTSL 1 (best)9.91□□□□□ -0.823e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-237ENST00000472252 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC8.77□□□□□ -1.013e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-205ENST00000414866 867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.08□□□□□ -1.123e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-268ENST00000602781 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC7.71□□□□□ -1.183e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-223ENST00000463292 642 ntTSL 1 (best)7.37□□□□□ -1.233e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 DMKN-267ENST00000602679 557 ntAPPRIS ALT2 TSL 37.11□□□□□ -1.273e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 SMG5-204ENST00000476954 1161 ntTSL 211.68□□□□□ -0.543e-33■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 AKT2-225ENST00000496089 982 ntTSL 516.97■□□□□ 0.312e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 IRF9-201ENST00000324076 658 ntTSL 512.59□□□□□ -0.393e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 CYP2W1-203ENST00000415893 890 ntTSL 315.98■□□□□ 0.156e-8■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 UNC13D-215ENST00000591563 4382 ntTSL 214.46□□□□□ -0.092e-7■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.432e-6■■■■□ 24.6
SF3A3Q12874 RABL6-208ENST00000464941 3361 ntTSL 218.63■□□□□ 0.571e-7■■■■□ 24.6
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