Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
DDX28Q9NUL7 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
DDX28Q9NUL7 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.1 ms