Protein–RNA interactions for Protein: Q12946

FOXF1, Forkhead box protein F1, humanhuman

Predictions only

Length 379 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXF1Q12946 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
FOXF1Q12946 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms